पिछले दशक में, NDA सरकार ने सरकारी संस्थानों की स्वायत्तता (autonomy) को कम करने और शक्तियों के अत्यधिक केंद्रीकरण (overcentralisation) की ओर बढ़ने की खतरनाक प्रवृत्ति दिखाई है। इसके नवीनतम शिकार इंडियन काउंसिल ऑफ मेडिकल रिसर्च (ICMR) और इंडियन स्पेस रिसर्च ऑर्गनाइजेशन (ISRO) हैं। चुनिंदा निजी कंपनियों के लिए दरवाजे खोलने से क्षमता निर्माण में मदद मिल सकती है, लेकिन राजनीतिक आकाओं के इशारों पर चलने वाले नौकरशाहों के माध्यम से उनके काम को नियंत्रित करना चिंताजनक सवाल खड़े करता है। वैज्ञानिकों को अपनी पूरी क्षमता से काम करने के लिए स्वायत्तता की आवश्यकता होती है। कोई भी देश अपने वैज्ञानिक समुदाय के दृष्टिकोण को दरकिनार नहीं कर सकता।
ICMR का पुनर्गठन इसकी स्वायत्तता के भविष्य पर सवाल उठाता है। स्वास्थ्य अनुसंधान का मार्गदर्शन करने वाले चिकित्सा वैज्ञानिकों और सार्वजनिक स्वास्थ्य विशेषज्ञों के बजाय, राष्ट्रीय स्वास्थ्य अनुसंधान एजेंडा अब एक अत्यधिक केंद्रीकृत 'राष्ट्रीय स्वास्थ्य अनुसंधान स्टीवर्डशिप समिति' द्वारा निर्धारित किया जाएगा, जिसकी अध्यक्षता प्रधान वैज्ञानिक सलाहकार करेंगे और जिसमें नौकरशाह सदस्य होंगे।
स्वास्थ्य अनुसंधान विभाग कार्यान्वयन एजेंसी के रूप में कार्य करेगा, और ICMR "वैज्ञानिक और तकनीकी निष्पादन" के प्रभारी के रूप में अंतिम स्तर पर होगा। निर्णय लेने की शक्तियों को गैर-तकनीकी लोगों के हाथों में सौंपने, निर्णय लेने की प्रक्रिया को केंद्रीकृत करने और वैज्ञानिक एजेंसियों की स्वायत्तता को कमजोर करने का एक व्यवस्थित प्रयास किया गया है। इन सबके परिणामस्वरूप अंततः सार्वजनिक रूप से वित्त पोषित R&D निकायों में विशेषज्ञता और प्रतिभा का ह्रास हो सकता है। ISRO के मामले में, कई कार्यों में निजी क्षेत्र को शामिल करने के लिए हाल ही में किए गए नीतिगत बदलाव ने कर्मचारियों में नाराजगी पैदा कर दी है।
5,000 से अधिक सदस्यों वाले नौ कर्मचारी संगठनों के प्रतिनिधियों ने ISRO के अध्यक्ष वी. नारायणन को एक संयुक्त पत्र लिखकर संगठन की भविष्य की भूमिका के बारे में स्पष्टीकरण मांगा है। वरिष्ठ वैज्ञानिकों के संगठन छोड़ने से इस प्रमुख संगठन के भविष्य को लेकर चिंताएं और बढ़ गई हैं। सरकार ने कानूनी रूप से बाध्यकारी नियामक ढांचे के बिना अंतरिक्ष क्षेत्र में निजी कंपनियों के प्रवेश को बढ़ावा दिया है। अंतरिक्ष गतिविधियों में कई अंतरराष्ट्रीय दायित्व और नियम शामिल होते हैं, जिनमें उपग्रहों के लिए कक्षीय स्लॉट (orbital slots) के आवंटन से लेकर पृथ्वी या कक्षा में दुर्घटनाओं के मामले में दायित्व और बीमा तक शामिल हैं। इसलिए, एक उचित नियामक प्रणाली का होना महत्वपूर्ण है।
ISRO ने सबसे पहले 2015 में अंतरिक्ष कानून का प्रस्ताव रखा था, और जब इस पर विचार-विमर्श चल रहा था, तब सरकार ने 2023 में एक नई अंतरिक्ष नीति की घोषणा की, जिसके तहत IN-SPACe (इंडियन नेशनल स्पेस प्रमोशन एंड ऑथराइजेशन सेंटर) का गठन किया गया। इसकी भूमिका अभी भी साफ़ नहीं है और इसे किसी कानूनी प्रावधान का समर्थन भी हासिल नहीं है। हालाँकि स्टार्टअप्स के लिए एक 'सिंगल-विंडो' पॉइंट के तौर पर इसकी मदद करने वाली भूमिका साफ़ है, लेकिन इसे रेगुलेटर कहना गुमराह करने वाला है। अगर IN-SPACe का काम सिर्फ़ प्राइवेट सेक्टर को मदद देना है, तो ISRO और उसकी दो कमर्शियल शाखाएँ — एंट्रिक्स कॉर्पोरेशन और न्यू स्पेस इंडिया लिमिटेड — यह काम करने के लिए ज़्यादा बेहतर स्थिति में थीं, क्योंकि उन्हें पिछले चार दशकों से प्राइवेट सेक्टर के साथ काम करने का अनुभव है। प्राइवेट सेक्टर को शामिल करना और टेक्नोलॉजी ट्रांसफर करना ऐसे काम हैं जिन्हें ये तीनों एजेंसियाँ हमेशा से खुद ही संभालती रही हैं।