जैसा कि अपेक्षित था, राज्यपाल की कार्रवाई की कांग्रेस ने आलोचना की, जिसने भाजपा पर लोकतांत्रिक रूप से चुनी गई सरकार को कमज़ोर करने के लिए राजभवन का उपयोग करने का आरोप लगाया। सभी मंत्रियों ने राज्यपाल की आलोचना की, जबकि कुछ ने केंद्र से उन्हें वापस बुलाने की मांग भी की। कांग्रेस के रुख का संकेत देते हुए मंत्री प्रियांक खड़गे ने कहा: “राज्य के संवैधानिक प्रमुख अपने राजनीतिक आकाओं को खुश करने के लिए संवैधानिक संकट को हवा दे रहे हैं।” कांग्रेस सरकार निश्चित रूप से सीएम का बचाव करने के लिए सभी उपलब्ध विकल्पों पर विचार करेगी, लेकिन भाजपा ने मामले की निष्पक्ष जांच के लिए सीएम से तत्काल इस्तीफा देने की मांग करके अपना रुख और तेज कर दिया है।
राज्य सरकार को आने वाली घटनाओं का अंदाजा था, क्योंकि राज्यपाल ने उसी दिन सीएम को कड़े शब्दों में नोटिस जारी किया था, जिस दिन उन्हें अब्राहम की याचिका मिली थी। 26 जुलाई को जारी नोटिस में कहा गया था, “अनुरोध के अवलोकन से पता चलता है कि आपके खिलाफ आरोप गंभीर प्रकृति के हैं और प्रथम दृष्टया उचित प्रतीत होते हैं…” सरकार ने नोटिस की वैधता पर सवाल उठाया था और मंत्रिपरिषद (सीओएम) ने राज्यपाल को इसे वापस लेने और याचिका को खारिज करने की सलाह दी थी। सीएम ने खुद को सीओएम की बैठक में शामिल होने से अलग कर लिया था, क्योंकि यह मामला उनसे और उनके परिवार से जुड़ा था। बैठक की अध्यक्षता उपमुख्यमंत्री डीके शिवकुमार ने की।
राज्यपाल मंत्रिपरिषद की सलाह के बजाय याचिकाओं में दिए गए तथ्यों के बारे में आश्वस्त थे। 17 अगस्त को अभियोजन की अनुमति देते हुए राज्यपाल ने कहा, "याचिकाओं में लगाए गए आरोपों के समर्थन में सामग्री के साथ-साथ याचिका और श्री सिद्धारमैया के उत्तर और राज्य मंत्रिमंडल की सलाह के साथ-साथ कानूनी राय के अवलोकन के बाद, मुझे ऐसा लगता है कि एक ही तथ्यों के संबंध में दो संस्करण हैं। यह बहुत जरूरी है कि एक तटस्थ, वस्तुनिष्ठ और गैर-पक्षपातपूर्ण जांच की जाए। मैं प्रथम दृष्टया संतुष्ट हूं कि आरोप और सहायक सामग्री अपराधों के किए जाने का खुलासा करती है।"
जबकि सरकार कानूनी विकल्पों की तलाश करेगी और भाजपा के केंद्रीय नेतृत्व के खिलाफ एक धमाकेदार अभियान चलाकर इस मुद्दे को लोगों तक ले जाएगी, बहुत कुछ याचिकाकर्ताओं द्वारा किए जाने वाले उपायों के तत्काल परिणाम पर निर्भर करेगा। अगर वे अदालतों को जांच की आवश्यकता के बारे में समझाने में कामयाब हो जाते हैं, तो सिद्धारमैया के लिए शीर्ष पद पर बने रहना मुश्किल हो जाएगा। क्षेत्रीय दलों के विपरीत, जो गंभीर आरोपों का सामना कर रहे मुख्यमंत्रियों का बचाव कर सकते हैं, भले ही वे जेल में हों और राज्य पर शासन कर रहे हों, कांग्रेस को अन्य विकल्पों पर विचार करने के लिए मजबूर होना पड़ सकता है। एक सीमा के बाद, पार्टी के लिए मुख्यमंत्री का बचाव करना असहनीय हो सकता है। अगर कांग्रेस याचिकाओं के आधार पर अदालत द्वारा जांच के आदेश दिए जाने से पहले शुरुआती चरणों में कानूनी लड़ाई जीतने में कामयाब हो जाती है, तो ऐसी स्थिति उत्पन्न नहीं हो सकती है। अपनी ओर से, सीएम ने MUDA मुद्दे में अपनी कार्रवाई का बचाव किया और अपने खिलाफ आरोपों को चार दशकों से अधिक के अपने बेदाग राजनीतिक करियर को कलंकित करने का प्रयास बताया। उन्होंने हमेशा इसे अपनी पत्नी को साइटों के रूप में दिए जा रहे मुआवजे का एक साधारण मामला बताया, जिनकी जमीन MUDA ने लेआउट विकसित करने के लिए अधिग्रहित की थी। जब दबाव बढ़ने लगा, तो सरकार ने इसकी जांच के लिए एक सेवानिवृत्त न्यायाधीश की अध्यक्षता में एक न्यायिक आयोग का गठन किया। इस कदम पर विपक्ष ने सवाल उठाए, जिसने सीबीआई जांच और सीएम के इस्तीफे की मांग की। इस बीच, कार्यकर्ताओं ने राजभवन का दरवाजा खटखटाया, जिससे सीएम के लिए मामला और खराब हो गया। जबकि कांग्रेस मुख्यमंत्री के बचाव के लिए सभी संभावित परिदृश्यों का पूर्वानुमान लगाएगी और उचित कदम उठाएगी, यह मुद्दा अब सरकार और राजभवन के बीच टकराव को तुरंत जन्म देगा, जैसा कि गैर-एनडीए दलों द्वारा शासित कई राज्यों में देखा गया है।