मदरसा शिक्षा के आधुनिकीकरण पर काफी चर्चा हुई है और आज कई मदरसे समकालीन पाठ्यक्रम से मेल खाने वाले विषय जैसे भाषा, गणित, विज्ञान और सामाजिक विज्ञान पढ़ाते हैं। हालांकि, राष्ट्रीय बाल अधिकार संरक्षण आयोग ने सुप्रीम कोर्ट में कहा है कि मदरसों में शिक्षा व्यापक नहीं है। ये स्कूल औपचारिक व्यवस्था से बाहर हैं और इसलिए अनुपयुक्त हैं। बच्चे प्राथमिक शिक्षा और मध्याह्न भोजन और वर्दी जैसे अन्य अधिकारों को प्राप्त करने के अधिकार से वंचित हैं। एनसीपीसीआर ने मदरसों द्वारा उल्लंघन किए जाने वाले शिक्षा के अधिकार अधिनियम की धाराओं को सूचीबद्ध किया है। इसने कहा कि मदरसों में पढ़ाई जाने वाली राष्ट्रीय शैक्षिक अनुसंधान और प्रशिक्षण परिषद की कुछ पाठ्य पुस्तकें महज 'आडंबर' हैं और गुणवत्ता शिक्षा के लिए कोई मानकीकरण या देखभाल नहीं है। इन चिंताओं को बढ़ावा देने वाला मुख्य मुद्दा धार्मिक शिक्षा है। कुछ समय पहले, सुप्रीम कोर्ट ने उत्तर प्रदेश मदरसा शिक्षा बोर्ड अधिनियम को रद्द करने के इलाहाबाद उच्च न्यायालय के आदेश पर रोक लगा दी थी ऐसा होना चाहिए कि छात्र खुली प्रतियोगी परीक्षाओं में बैठ सकें और सम्मानजनक जीवन जी सकें।
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