सरकार ने बताया कि इस संगठन के खिलाफ 104 मामले दर्ज हैं, जिनमें 96 मामले राज्यों और केंद्र शासित प्रदेशों की पुलिस ने दर्ज किए हैं और 8 मामले राष्ट्रीय जांच एजेंसी (NIA) द्वारा दर्ज किए गए हैं। भारत विरोधी गतिविधियों को लेकर SFJ पर लगाए गए प्रतिबंध को पिछले साल गैरकानूनी गतिविधियां (रोकथाम) अधिनियम (UAPA) ट्रिब्यूनल ने वैध ठहराया गया है।
सरकार ने UAPA ट्रिब्यूनल को बताया कि पिछले साल 22 जुलाई को रक्षा मंत्री राजनाथ सिंह के आवास के लैंडलाइन पर एक प्री-रिकॉर्डेड वॉयस मैसेज आया था। इसमें पन्नू नामक व्यक्ति ने दावा किया कि भारत सरकार के अधीन सिख समुदाय को अस्तित्व का खतरा है। उसने सांसदों को चेतावनी दी कि यदि उन्होंने खालिस्तान जनमत संग्रह का समर्थन नहीं किया तो उन्हें घर में रहना चाहिए। गृह मंत्रालय (MHA) ने बताया कि यह कॉल अंतरराष्ट्रीय नंबर से किया गया था और इसकी जांच इंटरपोल की मदद से की जा रही है। SFJ के मुखिया गुरपतवंत सिंह पन्नू पर आरोप है कि वह भारत विरोधी प्रचार कर रहा है और विदेशी धरती पर भारतीय गणमान्य व्यक्तियों के खिलाफ प्रदर्शन तथा मुकदमे दर्ज करवा रहा है। गृह मंत्रालय ने बताया कि पन्नू ने बड़े पैमाने पर धन जुटाया है, जिसे वह आतंकवादी गतिविधियों और भारत के प्रमुख नेताओं की हत्या के लिए इस्तेमाल कर सकता है।