भाजपा संसदीय राजनीति के दिग्गजों के राष्ट्रीय मंच पर अवतरित होने से पहले, पी पी मुकुंदन एक दक्षिणपंथी नेता थे, जिन्होंने केरल में गठबंधन राजनीति के पितामहों को दिखाया कि संघ मायने रखता है। हालाँकि कांग्रेस और मुस्लिम लीग, जिसे कुख्यात रूप से 'को-ले-बी' गठबंधन कहा जाता है, के साथ उनका राजनीतिक प्रयोग उनकी पार्टी के लिए विफल रहा, लेकिन इसने साबित कर दिया कि एलडीएफ और यूडीएफ उम्मीदवारों के भाग्य का निर्धारण करने में भाजपा-आरएसएस के वोट मायने रखते हैं। कई निर्वाचन क्षेत्रों में. मुकुंदन हमेशा अपने वजन से ऊपर मुक्का मारते थे।
1990 में, आरएसएस ने अपने सबसे भरोसेमंद लेफ्टिनेंट को भाजपा के संगठनात्मक महासचिव के रूप में नियुक्त किया, उस समय जब पार्टी की जड़ें राज्य में बहुत कम थीं। के जी मरार पार्टी के महासचिव और के रमन पिल्लई के अध्यक्ष थे। मुकुंदन को भाजपा के अंदर और बाहर जीवन से भी बड़ी छवि हासिल करने में कुछ ही साल लगे। वह राज्य भाजपा में अपने से अलग पार्टियों में दोस्त बनाने वाले पहले नेता थे: तत्कालीन मुख्यमंत्री और कांग्रेस नेता के करुणाकरण, गृह मंत्री वायलार रवि और पी के कुन्हालीकुट्टी उनमें प्रमुख थे।
उन्होंने फिल्मी हस्तियों और सांस्कृतिक कार्यकर्ताओं से भी मित्रता की। निर्देशक प्रियदर्शन और अभिनेता भरत गोपी और सुकुमारन के साथ उनके घनिष्ठ संबंधों ने पार्टी को एक नया जीवन दिया।
हालाँकि, यह उनका राजनीतिक प्रयोग था जिसने अंततः उनके भाग्य का निर्धारण किया। 1991 के विधानसभा और संसद चुनावों में कथित गठबंधन ने भाजपा को लगातार बदनामी में डाल दिया, जबकि अपराध में उसके सहयोगियों - कांग्रेस और लीग - ने तुरंत अपने हाथ धो लिए। यह जिला परिषद चुनावों में ई के नयनार सरकार के नेतृत्व वाली एलडीएफ की शानदार जीत थी जिसने सीपीएम को समय से पहले चुनाव कराने के लिए प्रेरित किया। इससे मुकुंदन और कांग्रेस तथा लीग नेताओं को एक अनौपचारिक समझौता करने का अवसर मिला। मुकुंदन ने बीजेपी-आरएसएस नेतृत्व को नए फॉर्मूले के बारे में आश्वस्त किया.
अपनी समझ के आधार पर, यूडीएफ ने बेपोर विधानसभा और वडकारा संसद सीटों के लिए उम्मीदवारों की आम सहमति बनाई। बीजेपी ने इन दोनों सीटों पर चुनाव नहीं लड़ा. कथित तौर पर इस बात पर सहमति हुई कि बदले में यूडीएफ, भाजपा के मरार को मंजेश्वरम विधानसभा क्षेत्र जीतने में मदद करेगा। हालाँकि, राजीव गांधी की हत्या का खामियाजा सभी चुनाव पूर्व समायोजनों को भुगतना पड़ा, क्योंकि कांग्रेस को एहसास हुआ कि वह अपने दम पर चुनाव जीत सकती है, लेकिन उसने मंजेश्वरम में वोटों को पलटने की जहमत नहीं उठाई।
एलडीएफ ने बेपोर और वडकारा दोनों में जीत हासिल की। सारा दोष 'को-ले-बी' गठबंधन के मुख्य वास्तुकार मुकुंदन पर लगा। रमन पिल्लई और ओ राजगोपाल सहित भाजपा नेता, जिन्होंने दावा किया था कि उनकी जानकारी के बिना 'सौदा' हुआ था, मुकुंदन पर भड़क गए। यदि चुनाव परिणाम अलग होते तो भाजपा, मुकुंदन और केरल की राजनीति की किस्मत एक और मोड़ लेती।
आरएसएस ने मुकुंदन को अपने तंबू में लौटने के लिए कहा। लेकिन उन्होंने मना कर दिया. उन पर गंदी राजनीति करने का आरोप लगाया गया। लेकिन, यह भी बताया गया कि उनका प्रयोग वोटों की राजनीति पर केंद्रित नहीं था.
आरएसएस ने प्रतिक्रिया व्यक्त करते हुए उन्हें प्रचारक पद से हटा दिया. लेकिन उन्होंने बीजेपी पर मजबूत पकड़ बनाए रखी. हालाँकि, मुकुंदन राष्ट्रीय नेतृत्व में अंतर्धाराओं को भांपने में विफल रहे। पार्टी के राष्ट्रीय महासचिव संजय जोशी ने उनका समर्थन किया। हालाँकि, नए राष्ट्रीय नेताओं के आगमन के साथ इसमें बदलाव आया। जोशी के नरेंद्र मोदी के साथ अच्छे रिश्ते नहीं थे. मोदी के गुजरात का मुख्यमंत्री बनने के बाद जोशी को हटा दिया गया।
भाजपा के राष्ट्रीय नेतृत्व ने मुकुंदन को केरल से बाहर कर दिया और उन्हें तीन दक्षिणी राज्यों का प्रभार दिया। हालाँकि उन्होंने सीके पद्मनाभन, पीएस श्रीधरन पिल्लई और वर्तमान प्रदेश अध्यक्ष के सुरेंद्रन सहित भाजपा नेताओं की एक लंबी सूची तैयार की थी, लेकिन मुकुंदन और पार्टी नेतृत्व को पता था कि समीकरण फिर से पहले जैसे नहीं होंगे। हालाँकि उन्होंने राज्य भाजपा में वापसी की कोशिश की, लेकिन उन्हें इस कड़वी सच्चाई का एहसास हुआ कि राजनीति में कोई स्थायी दोस्त नहीं होता है।