स्टेशन में प्रवेश करते समय, आगंतुकों का स्वागत एक दुर्गंध से होता है जो बिना फेसमास्क के असहनीय होती है। रेलवे ट्रैक कूड़े और प्लास्टिक के डिस्पोजल से अटे पड़े हैं। प्लेटफार्म पर कूड़ेदान और अन्य प्लेटफार्म से जुड़ने वाले फुट ओवरब्रिज पर कोई ध्यान नहीं है।
रेलवे स्टेशन पर पुरुषों और महिलाओं के लिए सामान्य शौचालयों का केवल एक सेट है, और विकलांग पुरुषों और महिलाओं के लिए सुलभ शौचालयों का एक सेट है।
शौचालयों को खाली छोड़ दिया जाता है और उनकी सफाई नहीं की जाती है। शौचालयों में कोई कूड़ेदान, बाल्टी या पानी नहीं है, जिससे वे उपयोग के लिए अनुपयुक्त हैं। यह स्थिति प्रत्येक यात्री को विकलांग व्यक्तियों के लिए बने शौचालयों का उपयोग करने के लिए मजबूर करती है।
सुलभ शौचालयों में पानी की सुविधा होने के बावजूद, शौचालयों का रख-रखाव ठीक से नहीं किया जाता है और बुनियादी साफ-सफाई का भी अभाव है।
जल सुविधा क्षेत्र भी साफ़ नहीं है, और वहाँ खुली नालियाँ प्लास्टिक और अन्य कचरे से भरी हुई हैं।
यात्रियों ने कई बार दुर्गंध, साफ-सफाई की कमी और शौचालयों की स्थिति के बारे में शिकायत की है, लेकिन स्थिति को सुधारने के लिए कोई कार्रवाई नहीं की गई है।
पूछे जाने पर रेलवे स्टेशन के सहायक स्टेशन प्रबंधक कोई उचित जवाब नहीं दे सके, लेकिन उन्होंने दावा किया कि "ट्रेनों के प्रस्थान से पहले हर सुबह और शाम रेलवे स्टेशन की सफाई की जाती है।"
दिन में दो बार सफाई होने के बावजूद स्टेशन पर गंदगी का आलम रहता है।
अप्रैल 2014 में खोले गए, नाहरलागुन रेलवे स्टेशन में केवल तीन प्लेटफार्म हैं और स्टेशन से चार यात्री ट्रेनें और कुछ मालगाड़ियां निकलती हैं।