2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में सेना का एक वरिष्ठ अधिकारी 25वां गवाह है, जिसने पलटवार किया क्योंकि उसने यह स्वीकार करने से इनकार कर दिया कि उसका बयान आतंकवाद निरोधी दस्ते या एटीएस द्वारा दर्ज किया गया था। अभियोजन पक्ष के अनुसार, गवाह ने एटीएस को मालेगांव विस्फोट के आरोपी लेफ्टिनेंट कर्नल प्रसाद पुरोहित के पारिवारिक मित्र होने के बारे में एक बयान दिया था।
बयान में, उन्होंने किसी ऐसे व्यक्ति से मुलाकात के बारे में बात की जिसने उन्हें अभिनव भारत के बारे में बताया। गवाह ने एक शिविर में भाग लेने का दावा किया जहां कुछ युवा मौजूद थे और कहा कि उन्हें लगा कि यह एक अभिनव भारत शिविर था।
गवाह ने कहा कि उसे मामले के एक अन्य आरोपी मेजर रमेश उपाध्याय (सेवानिवृत्त) का फोन आया था, जिसने उसे पुरोहित से पूछताछ करने के लिए कहा था, जो उसका फोन नहीं उठा रहा था। गुरुवार को गवाह ने आरोपी के डिब्बे में बैठे पुरोहित को पहचान लिया, लेकिन कहा कि एटीएस ने कोई बयान दर्ज नहीं किया है.
इस हफ्ते की शुरुआत में मंगलवार को एक और गवाह मुकर गया। रसाल द्वारा जिरह के बाद, गवाह ने कहा कि उसने जो कुछ भी जांच एजेंसी को बताया वह आरोपी सुधाकर चतुर्वेदी के संदर्भ में था, जिसके घर में वह रहता था।
बुधवार को दो गवाह कोर्ट में पेश होने वाले थे। एक कमजोर और अस्वस्थ था, जबकि दूसरे, मध्य प्रदेश के एक पुलिस अधिकारी ने कहा कि उनका क्षेत्र बाढ़ का सामना कर रहा था, जिससे उनके लिए अदालत में उपस्थित होना मुश्किल हो गया। एजेंसी अब तक 265 गवाहों को कोर्ट में पेश कर चुकी है.
29 सितंबर, 2008 को, एक बाजार में एक बम विस्फोट हुआ, जिसमें छह लोग मारे गए और लगभग सौ अन्य घायल हो गए। 23 अक्टूबर 2008 को, एटीएस ने मामले में अपनी पहली गिरफ्तारी की - भाजपा सांसद साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर और अन्य। 20 जनवरी 2009 को, एटीएस ने अपनी जांच पूरी करने के बाद मामले में आरोप पत्र दायर किया और 1 अप्रैल 2011 को केंद्र सरकार ने मामले की आगे की जांच राष्ट्रीय जांच एजेंसी, या एनआईए को स्थानांतरित कर दी।